افتتحت كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية في مايو 1992 م ،  كأحد كليات جامعة الشرق والتي كانت تضم جامعة القضارف بمدينة القضارف، جامعة كسلا  بمدينة كسلا وجامعة البحر الأحمر بمدينة بور تسودان وفق المرسوم الجمهوري رقم (67) الصادر بتاريخ 6 مارس 1994م. وبصدور المرسوم المؤقت لقانون الجامعة في 7 مايو 1995م، كانت كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية نواة لجامعة القضارف.

بدأت الكلية بثلاث تخصصات هي تخصص الاقتصاد، تخصص إدارة الأعمال وتخصص المحاسبة والتمويل وتمنح درجة بكالوريوس الشرف في التخصصات المذكورة. وكتطور طبيعي أضيفت مؤخراً بالكلية تخصصات قسم الاجتماع والانثروبولوجيا الاجتماعية، الإحصاء والدراسات السكانية وتخصص العلوم السياسية. بجانب ذلك، تضم الكلية بجانب الطلاب النظاميين برامج لطلاب التعليم عن بعد (الانتساب) وبرامج الدبلوم التقني في تخصص الاقتصاد والبنوك وتخصص المحاسبة والتمويل